windows本身没问题的。

hint本身也是使用setwindowpos (HWND_TOPMOST)的，当你的window 在showing的时候，你用定时器（或者线程）把自己窗口提前，并没有通知 Application.FHint，所以，它没有再次调用setwindowpos，你在它之后调的setwindowpos，自然在它的上面了。
简单地，你可以在你的window setwindowpos后，调一下，
Application.HideHint;
Application.ShowHint:=False;
Application.ShowHint:=True;

这样，次序应该正常了。