主体不同。

刑法中的虚假证明属于单位犯罪，主体是中介公司或者中介服务机构。一般的公司没这资格，主要相关的项目是指承担资产评估、验资、验证、 会计、审计、法律服务等职责。

民法中的，通常指的是会计/审计事务所的验资证明\为广告提供的证明（通常是国家的具有相应资质的机关）\医院为骗保所开的证明呀什么的。一般的企业不具备所谓证明的资质。

但如果是担保，问题就大了，有连带的赔偿责任。