据日本媒体报道，台湾军方的反潜机早在十一月三日已经发现、确认一艘解放军潜艇驶向日本，台湾当局随即知会日方追踪。台湾国防部以「军事机密」为由拒绝证实报道，强调台军「从头到尾」全程监控事态发展。 日本富士电视台十一日报道说，日本自卫队十一日继续派出反潜机、驱逐舰追踪曾闯入日本海域、疑是中国海军的汉级核潜艇。台湾的反潜机在上周三发现一艘向日本方向行驶的潜艇，经确认后证实是解放军潜艇，马上知会日本自卫队。

日本自卫队接消息后在十一月五日展开搜索，先在鹿儿岛东南三百多公里发现两艘大陆潜艇救援船；其后在本月八日发现台湾通报的解放军潜艇，展开跟踪，直至前日清晨，该潜艇闯入日本海域，并在冲绳的宫古、石垣岛之间潜行，日方才派出反潜机、反潜直升机、驱逐舰追截。

台湾军方十一日接受查询时，以「军事机密」为由拒绝评论。法新社引述一名台湾国防部官员表示，台军透过情报交换等方式，全程掌握事件的讯息，并且持续监控这艘疑是解放军核潜艇的动向。

台湾与日本军事联系密切，今年八月前琉球防空司令官佐藤守证实海上自卫队与台湾海军有电脑连线，能共同监察解放军活动的状况，同时，美国对台安全高度重视，透过美日安保条约，台湾与日本已形成军事同盟雏形。 断定汉级潜艇驶回渤海湾

太阳报报导说，日本自卫队的两艘护卫舰及一架P3C反潜侦察机，十一日仍在公海穷追曾经闯入日本海域的不明国籍潜艇，十一日上午十时潜艇已驶至钓鱼台以北二百公里海面，向北继续航行。日本内阁官房长官细田博之不愿明确说明潜艇的位置及航向，只表示潜艇采取迂回闪避路线航行。由于潜艇一直没有浮上水面及驶往特定国家，故此仍未有足够资料确定潜艇的国籍，追踪行动会继续，未知何时停止。

日本防卫厅官员透露，根据声纳探测到的螺旋桨声音分析，「几乎可以断定」这艘是解放军的汉级核潜艇，该潜艇可能正驶回位于渤海湾的中国海军基地。不过，日本当局至今仍未敢松口指出潜艇是「解放军潜艇」。首相小泉纯一郎十一日晚向日本放送协会（NHK）解释为何不敢直言指出潜艇的国籍，他表示，由于事件涉及安全问题，「有时候不应将事情说清楚。」 另据报导，正在北京访问的日本前首相桥本龙太郎昨日表示，中国国家副主席曾庆红和中央军委副主席兼国防部长曹刚川，正在了解是否有中国核潜艇进入日本领海，一旦证实相关潜艇为中国潜艇，两国将就事件进行讨论。

据共同社报道，桥本十一日会见曾庆红后表示，他曾向中国领导人指出，此事件令人遗憾。而新华社的报道没有提及双方有否谈及潜艇事件。解放军副总参谋长熊光楷会见时亦在座。 中国外交部发言人章启月十一日在例行记者会上数次被问及潜艇事件。她没正面答覆有关核潜艇是否中国潜艇，只表示中方一直关注有关报道，密切注视事态发展。

自由时报报导说，联合国海洋法条约规定，「潜舰通过他国领海时必须浮出水面同时揭扬国旗」。

十一日各主要报纸的社论对侵入日本领海的行为有强烈的批判，例如「朝日新闻」的社论指出，「中国海军的核子潜舰最有可能，潜舰以潜航的方式侵入他国领海很明确的已违反国际法，如为中国潜舰，日本应要求中国政府对侵入的目的提出能令人信服的说明」。

「日本经济新闻」社论指出，「不管哪一国的舰船，只要是侵犯日本领海就不能放过，政府应迅速确定船籍，然后提出严正抗议，以保障日本安全」。「读卖新闻」也强调，「侵犯领海是侵害国家主权的不法行为，日本应当提出毅然的态度加以对应」。「产经新闻」的社论指出，「日本政府有必要明示潜舰国籍，提出强硬对策」。

中国潜舰侵入日本领海被认为是防卫厅所提出的「中国威胁论」的一个佐证。

「读卖新闻」指出，散在九州、冲绳一带的大小岛屿，对中国潜舰而言是一大障碍，今后中国与日美之间的冲突可能会持续发生。

杏林大学综合政策学部教授平松茂雄指出，如果是中国的潜舰，则这次的潜航「与台湾不无关系」，他认为九六年美军的两个航空母舰舰队迫使中国威吓台湾的军演草草结束，是中国的一种屈辱，中国可能在台湾近海展开潜舰作战放置水雷以阻止美军航母接近。

他指出，中国汉级核子潜艇虽然「声音很大跟不上时代」，但是如果出现阻止美国航母接近台湾效果，对今后与台湾的谈判将更有利。

军事评论家江畑谦介也以柴油潜舰必须换气的理由判断这次侵犯日本领海的潜艇属于核子动力，而且以地理位置推定，「中国潜舰的可能性最大」。他认为中国在军事上必须掌握海域中的盐分、水温等数据，可能这是目的之一，同时也不排除中国海军在测试日本新型P-3C预警机的性能。