10月14日上午11点，日本防务厅发表申明：中国发射的神舟六号飞船在飞越日本上空时被日方偶然截获关键信息，日方称已据此分析出神六部分重要信息，日本防务厅长官石破茂当时难以掩饰内心的激动：“通过分析，我们甚至十分清楚目前中国宇航员的身体状况……”

针对日方这一申明，中国外交部于10月14日下午1点作出回应：“神舟六号自10日12日上午发射升空后并未丢失任何部件和机密信息，在飞越东京上空扔下航天马桶只是按既定程序操作。”