首先，源代码直接编译成本地机器码与JIT的概念是不同的，因为JIT的意思是把中间代码IL转换为机器代码。而中间代码IL基本上是汇编级别的，其编译速度肯定要比源代码直接编译为机器代码快，与其说是编译，还不如说是转换。而且，JIT基本上是用到时才局部编译，而且一般只编译一次后由系统缓存，所以运行效率还是非常高的。
此外，因为Java虚拟机基本上是按中间代码来解释执行的，这是Java程序运行效率一直无法提高的根本原因。即使Java有JIT，但由于Java的中间代码与Java运行需要的系统类库绑得太紧，其JIT的结果不是100%的本地码，因此效率仍然无法提高多少。也就是说：“基本不顶用！”。
但是，.NET是在充分考虑了Java的优点和缺点之后设计的。其中间代码IL设计得更加合理，不但转换为本地机器码的数度奇快（Anders称为“映射”，而不愿称为“编译”），关键是其JIT的结果是100%纯本地代码。微软声称，其优化后的指令速度可以比美C++，因为微软有这个吹牛的资本。
不过，.NET刚刚出来，没有Java那么多现存的应用，还需要时间检验。但感觉MS好像还很少在市场上失败过。拭目以待...